Институт гармонично интегрирован в научно-образовательный комплекс Томской области - является участником 2-х научно-образовательных центров (НОЦ) Томского государственного университета. Предметом сотрудничества в рамках НОЦ выступает экологическая безопасность природопользования, изучение продуктов глубокой переработки торфа и наноразмерных материалов, создание веществ с заданными биологическими и иными свойствами, разработка и апробация методик их применения.

Создана Межведомственная лаборатория новых материалов и технологий переработки торфа. В её рамках ведется разработка полифункциональных материалов с заданными свойствами для нужд сельского хозяйства, медицины, строительства и энергетики.

Институт сотрудничает также с Томским политехническим университетом, институтами Томского отделения СО РАН, Томским сельскохозяйственным институтом, научными учреждениями Сибирского отделения Россельхозакадемии.